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Le diagnostic de la tuberculose

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Qu’est-ce que la tuberculose ?

La tuberculose est l’une des 10 principales causes de décès dans le monde dû à un agent infectieux, avant le VIH. En 2019, on estime que 1,4 millions de personnes sont décédées de la tuberculose et 10 millions de personnes ont contracté la maladie. Chez les patients atteint de VIH, la tuberculose est la principale cause de décès.

La tuberculose est provoquée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis, qui infecte le plus souvent les poumons. Elle se transmet par l’air, via la projection de bactéries par éternuements ou par postillons. Les symptômes de la tuberculose sont la fièvre, la fatigue, une toux grasse et des sueurs nocturnes. Il s’agit d’une maladie guérissable par l’association de 3 antibiotiques pendant 6 mois.

Il existe plusieurs stades de tuberculoses : on distinguera la tuberculose latente qui n’est pas contagieuse de la tuberculose active qui quant à elle est contagieuse. La tuberculose latente est, dans 85 à 95% des cas, contrôlée par l’organisme. Les 5 à 15% des cas restant correspondent à la tuberculose active ou « tuberculose maladie » responsable de symptômes cliniques et/ou radiologiques.

Les moyens de diagnostic de la tuberculose

Plusieurs types de diagnostics sont employés pour orienter et confirmer la maladie. Tout d’abord le diagnostic clinique passe par la présence de symptômes tels qu’une toux accompagnée d’expectorations, de la fièvre, une altération de l’état général ainsi qu’une perte de poids et des sueurs nocturnes. Les antécédents du patient sont aussi à prendre en compte notamment un voyage dans un pays à risque.

La radiographie des poumons peut aussi mettre en évidence des opacités anormales évocatrices de la maladie.

Les tests immunologiques utilisés aujourd’hui sont une aide au diagnostic afin de détecter les porteurs de tuberculoses latentes, pouvant ensuite évoluer vers une forme active.

Le diagnostic permettant de confirmer la maladie, d’identifier la mycobactérie et ses éventuelles résistances aux antibiotiques pour un traitement est le diagnostic bactériologique. Celui-ci comprend plusieurs analyses : la microscopie, les techniques multiplications PCR (Polymerase Chain Reaction), la culture ainsi que les antibiogrammes…

Les diagnostics de la tuberculose

 

Retour sur les méthodes d’évaluation bactériologique de la tuberculose

En fonction du prélèvement ainsi que des facteurs épidémiologiques, techniques et économiques, les tests effectués ne seront pas les mêmes. Chaque pays suit ainsi les recommandations propres à celui-ci. Malgré le nombre de méthodes de diagnostic qui augmente régulièrement, la méthode de référence pour la diagnostic de la tuberculose reste la mise en culture des prélèvements biologiques.

La méthode réalisée en première intention pour la mise en évidence de la tuberculose est la microscopie. Depuis de nombreuses décennies, l’examen microscopique direct précédé d’une coloration des prélèvements biologiques permet de voir la présence de bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR). Il s’agit d’un test simple, rapide et peu coûteux renseignant sur le caractère bacillifère du patient. La coloration de référence est la coloration de Zielh-Neelsen (ZN), mettant en évidence des BAAR roses sur fond bleu (cellules). La coloration fluorescente à l’auramine est également très utilisée en laboratoire. Elle permet d’observer, avec plus de sensibilité que la coloration ZN, les BAAR apparaissant alors verts fluorescents sur fond rouge (cellules). Cette coloration nécessite par contre un équipement spécifique : un microscope à lampe à mercure ou un microscope à LED (light emitting diode). La sensibilité de cette méthode est variable selon le type de prélèvement : 65% pour les prélèvements pulmonaires et 10 à 20% pour les prélèvements extra-pulmonaires.

La mise en culture est le test le plus sensible et spécifique pour la recherche de mycobactéries. Malgré une croissance lente des mycobactéries du complexe tuberculosis, le diagnostic de la tuberculose repose sur leur culture. Celle-ci étant en général associée à une fluidification et décontamination des prélèvements pulmonaires tels que les expectorations, elle permet de confirmer le diagnostic et d’isoler la souche. L’association des cultures solide et liquide est la méthode la plus performante puisqu’elle possède un seuil de détection très bas : 10 à 10² bacilles/mL d’échantillon. Sur milieux solides il faudra 3 à 6 semaines pour détecter une culture, suivant la charge mycobactérienne. Pour les milieux liquides le délai de positivité est situé entre 10 et 14 jours.

La méthode antigénique par immunochromatographie consiste à rechercher une protéine spécifique des mycobactéries du complexe tuberculosis, la protéine MPT64. Ce test est utilisé après une culture positive sur un milieu solide ou liquide, et met en évidence le complexe tuberculosis en 15 minutes.

L’identification des mycobactéries peut aussi se faire par spectroscopie de masse. Cette technique est réalisée à partir des cultures et permet à la fois d’identifier les mycobactéries du complexe tuberculosis ainsi que la plupart des mycobactéries atypiques.

Les méthodes d’amplification génique permettent d’obtenir des résultats rapides et très sensibles. Ces méthodes permettent de mettre en évidence les mycobactéries du complexe tuberculosis mais aussi pour certaines d’entre elles de souligner les résistances aux antituberculeux.

Parmi ces méthodes d’amplification génique, la technique GeneXpert® est largement employée. Il s’agit d’une méthode fiable et rapide. Cette technique permet de détecter les mycobactéries du complexe tuberculosis, mais aussi de détecter une éventuelle résistance à la rifampicine. La rifampicine est un antibiotique majeur dans le traitement contre la tuberculose, une résistance à celui-ci étant souvent synonyme de multi-résistance. Cette PCR en temps réel apporte un diagnostic en 2h.

Conclusion

Les sensibilités et spécificités des différentes méthodes dépendent de l’origine du prélèvement biologique (intra ou extra-pulmonaire) ainsi que de sa charge mycobactérienne. Chaque technique possède ainsi ses avantages et ses limites.

L’apparition des techniques de PCR en temps réel a représenté une avancée importante dans le diagnostic de la tuberculose. Cependant ces techniques sont coûteuses et nécessitent une formation du personnel. Les tests PCR sont notamment recommandés en première intention dans les zones où la tuberculose est endémique. Malgré la sensibilité de cette technique, elle nécessite encore selon les cas de tests complémentaires. Lorsque le résultat de la PCR est négatif cela n’exclut pas une tuberculose. Dans les zones non endémiques de la tuberculose, la coloration est ainsi recommandée en première intention associée selon les pays à la PCR. La mise en culture reste ensuite l’étape de confirmation essentielle au diagnostic.

Dans ce domaine, RAL Diagnostics a développé des produits de coloration efficaces et qui simplifient le travail des techniciens avec les kits, TB PrepFluo-RAL  et Cold ZN, ainsi que les kits Stainer Fluo-RAL et Cold ZN et Fluo-RAL Methylene Blue.

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Références bibliographiques :

Société Française de Microbiologie, 2015, Référentiel en microbiologie médicale, 5ème édition 2015

L. Slim-Saidi, E. Mehiri-Zeghal, A. Ghariani, F. Tritar, 2015, Nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose

C. Guillet-Caruba, V. Martinez, F. Doucet-Populaire, 2014, Les nouveaux outils de diagnostic microbiologie de la tuberculose maladie

Fabricant français de réactifs de coloration pour le diagnostic médical